Le roi Louis-Philippe et les travaux de François-Léonard Fontaine
Jérôme Bonaparte et les travaux de Prosper Chabrol
L'installation du Conseil d'État au Palais-Royal
Une salle fut aménagée à cet effet en 1801. Elle devint plus tard la salle de l'Assemblée générale.
Lorsque la famille d'Orléans reprit possession des lieux, le futur roi des Français, Louis-Philippe chargea François-Léonard Fontaine de réaménager le palais. L'architecte avait déjà travaillé sous l'empire aux Tuileries où il avait réalisé la salle de séances du Conseil d'État.
Au Palais-Royal, il travailla surtout à la cour d'honneur. Il établit la colonnade le long des deux ailes et construisit, à l'est, le pavillon de Valois affecté aujourd'hui au ministère de la Culture et, à l'ouest, le pavillon de Montpensier occupé maintenant par le Conseil constitutionnel.
Enfin, il commença la galerie d'Orléans qui sépare la cour d'honneur du jardin.
Dans le bâtiment central, ses interventions furent moins importantes et se limitèrent à l'aménagement de l'appartement des ducs d'Orléans, au cours duquel il transforma la salle du Tribunat en chapelle.
La révolution de 1848 fut particulièrement destructrice pour le Palais-Royal, bien que le roi ne l'habitât plus. Les intérieurs furent en grande partie saccagés et les armes des Orléans retirées du fronton de la façade.
Les travaux d'aménagement furent confiés à Prosper Chabrol, l'architecte de la façade du Théâtre-Français sur la rue Saint-Honoré. Il refit l'intérieur de l'aile de Valois, du bâtiment central où il aménagea notamment le "Salon de la fontaine", à l'emplacement de l'actuelle salle de la section de l'intérieur.
Un peu plus de vingt ans après le saccage de 1848, un deuxième désastre toucha le Palais-Royal. En mai 1871, pendant la Commune, l'édifice fut incendié.
Heureusement, le dévouement de quelques habitants du quartier permit d'éviter la destruction complète du bâtiment. Cependant, l'aile droite de la Cour de l'horloge et les étages du bâtiment central brûlèrent.
Le palais revint au domaine de l'État avec la Troisième République. Or le Conseil d'État se trouvait sans bâtiment depuis que le Palais d'Orsay avait complètement brûlé pendant la Commune.
Dès l'été 1871, le gouvernement décida d'installer le Conseil d'État au Palais- Royal : le bâtiment central et les deux ailes de la Cour de l'horloge lui furent attribués, ainsi qu'une partie de l'aile Valois et la salle Napoléon, dans l'aile Montpensier.
Etabli temporairement à Versailles, le Conseil d'État ne vint au Palais-Royal qu'en 1875.
Prosper Chabrol mena les travaux de restauration de 1872 à 1874. Il aménagea notamment, à cette époque, la salle du contentieux. Wilbrod, son fils, travailla quant à lui à la redistribution des espaces intérieurs. Depuis cette époque, celle-ci n'a pas sensiblement changé.